SCENIC a mesternél · aertslab SCENIC · GitHub
0 közreműködők
Azok a felhasználók, akik hozzájárultak a fájlhoz
| --- |
| cím: "Futó SCENIC" |
| alcím: SCENIC (Single Cell rEgulatory Network Inference and Cluster) |
| Kimenet: |
| html_document: |
| szám_szakaszok: nem |
| toc: igen |
| toc_float: igen |
| css: javítva.css |
| eredmények: tartás |
| html_notebook: |
| toc: igen |
| pdf_document: |
| toc: igen |
| irodalomjegyzék: hivatkozások.bib |
| matrica:> |
| % \ VignetteIndexEntry |
| % \ VignetteEncoding |
| % \ VignetteEngine |
| --- |
| " |
| # A HTML felépítésekor tiltsa le az üzenetek betöltését |
| suppressPackageStartupMessages ( |
| könyvtár (SCENIC) |
| könyvtár (AUCell) |
| könyvtár (RcisTarget) |
| könyvtár (SCopeLoomR) |
| könyvtár (KernSmooth) |
| könyvtár (BiocParallel) |
| könyvtár (ggplot2) |
| könyvtár (data.table) |
| könyvtár (rács) |
| könyvtár (ComplexHeatmap) |
| >) |
| opciók (szélesség = 200) |
| # Személyre szabott jelentés készítéséhez frissítse a munka könyvtárat: |
| knitr: opts_knit $ set (root.dir = "SCENIC_mouseBrain") |
| " |
| * Matrica épült `r formátumra (Sys.time (),"% b% d,% Y ")` SCENIC ** verzióval `r packageVersion (" SCENIC ")` * **. |
| # SCENIC munkafolyamat |
| Ez az oktatóanyag a ** SCENIC munkafolyamat ** lépéseit mutatja be: |
| A ** génszabályozó hálózat (GRN) ** kiépítése: |
| 1. Az együttes kifejezés alapján határozza meg az egyes TF lehetséges célpontjait. |
| - A kifejezésmátrix szűrése és a GENIE3/GRNBoost futtatása. |
| - A célok formázása a GENIE3/GRNBoost-ból ko-expressziós modulokká. |
| 2. Válassza ki a potenciálisan közvetlen kötő célokat (regulonokat) a DNS-motívum elemzés alapján (* RcisTarget *: TF motívum elemzés) |
| Azonosítsa a ** sejtállapotokat ** és azok szabályozóit: |
| 3. A hálózati aktivitás elemzése az egyes cellákban (* AUCell *) |
| - Pontszerű regulonok a sejtekben (számítsa ki az AUC-t) |
| - Opcionális: Konvertálja a hálózati tevékenységet ON/OFF-ba (bináris tevékenység-mátrix) |
| 4. Azonosítsa a stabil sejtállapotokat génszabályozó hálózatuk aktivitása (sejtek klaszterezése) és az eredmények feltárása alapján. |
| Az oktatóanyag indításához el kell olvasnia a "Bevezetés és beállítás" matricát (`matrica (" SCENIC_Setup ")" és futtatnia kell a telepítési lépéseket. |
| ## Parancslista |
| Ez a SCENIC munkafolyamat futtatásához használt főbb parancsok áttekintése. |
| (Csalólapként vagy sablonként használható, nem teljes körű). |
| A parancsokat a következő szakaszok ismertetik. |
| " |
| # ## Adat betöltés |
| loomPath system.file (csomag = "SCENIC", "example/mouseBrain_toy.loom") |
| könyvtár (SCopeLoomR) |
| szövőszék open_loom (loomPath) |
| exprMat get_dgem (szövőszék) |
| cellInfo get_cell_annotation (szövőszék) |
| close_loom (szövőszék) |
| # ## A beállítások inicializálása |
| könyvtár (SCENIC) |
| scenicOptions InitializeScenic (org = "mgi", dbDir = "cisTarget_databases", nCores = 10) |
| # scenicOptions @ inputDatasetInfo $ cellInfo |
| saveRDS (scenicOptions, file = "int/scenicOptions.Rds") |
| # ## Kifejezési hálózat |
| gének Tartják a génszűrést (exprMat, scenicOptions) |
| exprMat_filtered exprMat [genesKept,] |
| runCorrelation (exprMat_filtered, scenicOptions) |
| exprMat_filtered_log log2 (exprMat_filtered + 1) |
| runGenie3 (exprMat_filtered_log, scenicOptions) |
| # ## Készítsen és szerezzen GRN-t |
| exprMat_log log2 (exprMat + 1) |
| scenicOptions @ settings $ dbs scenicOptions @ settings $ dbs ["10kb"] # Játékfuttatás beállításai |
| scenicOptions runSCENIC_1_coexNetwork2modules (scenicOptions) |
| scenicOptions runSCENIC_2_createRegulons (scenicOptions, coexMethod = c ("top5perTarget")) # Játékfuttatás beállításai |
| scenicOptions runSCENIC_3_scoreCells (scenicOptions, exprMat_log) |
| # Opcionális: Tevékenység binárisítása |
| # aucellApp |
| # savedSelections |
| # newThresholds |
| # scenicOptions @ fileNames $ int ["aucell_thresholds", 1] |
| # saveRDS (newThresholds, file = getIntName (scenicOptions, "aucell_thresholds")) |
| scenicOptions runSCENIC_4_aucell_binarize (scenicOptions) |
| tsneAUC (scenicOptions, aucType = "AUC") # válassza ki a beállításokat |
| # Export: |
| # saveRDS (cellInfo, file = getDatasetInfo (scenicOptions, "cellInfo")) # Ideiglenes, szövőszékhez adható |
| export2loom (scenicOptions, exprMat) |
| # Az aktuális állapot vagy a beállítások bármilyen változásának mentéséhez mentse az objektumot újra: |
| saveRDS (scenicOptions, file = "int/scenicOptions.Rds") |
| # ## A kimenet feltárása |
| # Ellenőrizze a fájlokat a 'output' mappában |
| # Tallózzon a kimeneti .loom fájlban: @ http://scope.aertslab.org |
| # output/Step2_MotifEnrichment_preview.html részletesen/részhalmaz: |
| motifEnrichment_selfMotifs_wGenes loadInt (scenicOptions, "motifEnrichment_selfMotifs_wGenes") |
| tableSubset motifEnrichment_selfMotifs_wGenes [kiemeltTFs == "Sox8"] |
| viewMotifs (tableSubset) |
| # output/Step2_regulonTargetsInfo.tsv részletesen: |
| regulonTargetsInfo loadInt (scenicOptions, "regulonTargetsInfo") |
| tableSubset regulonTargetsInfo [TF == "Stat6" & highConfAnnot == IGAZ] |
| viewMotifs (tableSubset) |
| # Sejt-típusú specifikus szabályozók (RSS): |
| regulonAUC loadInt (scenicOptions, "aucell_regulonAUC") |
| rss calcRSS (AUC = getAUC (regulonAUC), cellAnnotation = cellInfo [oszlopnevek (regulonAUC), "CellType"],) |
| rssPlot plotRSS (rss) |
| plotly: ggplotly (rssPlot $ plot) |
| " |
| # Könyvtár |
| A munkafolyamat során több fájlt mentünk. A rendben tartás érdekében javasoljuk, hogy állítsa be a munkakönyvtárat egy új mappába. |
| Például: |
| " |
| dir.create ("SCENIC_MouseBrain") |
| setwd ("SCENIC_MouseBrain") # Vagy "knitr: opts_knit $ set (root.dir = 'example_results/SCENIC_MouseBrain') 'az első darabban, ha notebookot futtat |
| " |
| A scenic fő kimenetei egy `szövőszékfájlba`, a` output` mappába kerülnek, |
| amely tartalmaz néhány automatikusan generált ábrát és jelentést is, amelyek segítségével áttekintheti az eredményeket. |
| Ezenkívül néhány közbenső/ideiglenes fájl mentésre kerül az `int` mappába, |
| számozott előtaggal, hogy rendben legyenek. |
| Ezekkel a fájlokkal ellenőrizheti az egyes lépések részleteit, vagy újra elvégezheti az elemzés részeit különböző beállításokkal. |
| # Bemenet |
| ## Kifejezési mátrix |
| A SCENIC bemenete egysejtű RNS-szekvencia expressziós mátrix (génszimbólummal "helynevekként", a részletekért lásd a "matricát (" SCENIC_Setup ")). Az első lépés ennek a mátrixnak a betöltése. |
| Ehhez az oktatóanyaghoz csak 200 cellát és " játékot mutatunk be |
| loomPath system.file (csomag = "SCENIC", "example/mouseBrain_toy.loom") |
| " |
| " |
| # Ez a játékpélda a 3005 sejtes egér agyadatának részhalmaza, Zeisel és munkatársai: |
| download.file ("http://loom.linnarssonlab.org/clone/Previously%20Published/Cortex.loom", "Cortex.loom") |
| loomPath "Cortex.loom" |
| " |
| Nyissa meg a szövőszék fájlt, és töltse be az expressziós mátrixot (és a cellák kommentárját, ha rendelkezésre áll) |
| " |
| könyvtár (SCopeLoomR) |
| szövőszék open_loom (loomPath) |
| exprMat get_dgem (szövőszék) |
| cellInfo get_cell_annotation (szövőszék) |
| close_loom (szövőszék) |
| halvány (exprMat) |
| " |
| ## Cella információ/fenodata |
| A 3-4. Lépésben (az GRN pontozása és a klaszterezés) érdekes összehasonlítani az eredményeket a sejtekkel kapcsolatos ismert információkkal. |
| Már megadhatja, hogy mely változókat kell ábrázolni, és hozzárendelhet nekik egy adott színt (különben az egyiket automatikusan hozzárendelik). |
| " |
| # cellInfo $ nGene 0) |
| fej (cellInfo) |
| cellInfo data.frame (cellInfo) |
| cbind (tábla (cellInfo $ CellType)) |
| dir.create ("int") |
| saveRDS (cellInfo, file = "int/cellInfo.Rds") |
| " |
| " |
| # A változókhoz rendelendő szín (ugyanaz a formátum, mint az NMF: aheatmap esetében) |
| colVars lista (CellType = c ("microglia" = "erdei zöld"), |
| "endothelial-frural" = "darkorange", |
| "asztrociták_független" = "bíborvörös4", |
| "oligodendrocytes" = "hotpink", |
| "interneurons" = "red3", |
| "piramis CA1" = "skyblue", |
| "piramis SS" = "sötétkék")) |
| colVars $ CellType colVars $ CellType [metszi (nevek (colVars $ CellType), cellInfo $ CellType]] |
| saveRDS (colVars, file = "int/colVars.Rds") |
| telek.új (); jelmagyarázat (0, 1, fill = colVars $ CellType, jelmagyarázat = names (colVars $ CellType)) |
| " |
| # Inicializálja a SCENIC beállításokat |
| Annak érdekében, hogy a SCENIC több lépése során a beállítások következetesek legyenek, a SCENIC csomag legtöbb funkciója egy közös objektumot használ, ahol az aktuális futtatás opcióit tárolják. Ez az objektum a legtöbb függvény helyettesíti az "argumentumokat", és egy SCENIC futtatás kezdetekor létre kell hozni az "initizeScenic ()" függvénnyel. . |
| Az alapértelmezett beállításoknak a legtöbb elemzésre érvényesnek kell lenniük. Az összes futtatáskor meg kell adni azokat a paramétereket: a szervezet (`mgi` az egérhez,` hgnc` az emberhez vagy a `dmel` a fly-hez), és a könyvtár, ahol az RcisTarget adatbázisokat tárolják (létrehozhat egy linket a az aktuális könyvtár, hogy elkerülje azok megkettőzését, pl. a linux: `system (" ln -s |
- Sorok másolása
- Másolja a permalinket
- Tekintse meg a hibát
- Hivatkozás az új számban
- Forduljon a GitHub-hoz
- Árazás
- API
- Kiképzés
- Blog
- Ról ről
Jelenleg nem hajthatja végre ezt a műveletet.
Egy másik füllel vagy ablakkal jelentkezett be. Töltse be újra a munkamenet frissítéséhez. Kijelentkezett egy másik fülön vagy ablakban. Töltse be újra a munkamenet frissítéséhez.